En las personas con incongruencia de género/disforia de género que deciden someterse a una cirugía de afirmación de género, que puede incluir la orquiectomía bilateral (extirpación de los testículos) y la histerectomía con anexectomía (extirpación del útero y los ovarios), la fertilidad se ve afectada de forma irreversible. La terapia hormonal de afirmación del género también puede perjudicar la fertilidad y la capacidad reproductiva. Si bien se necesitan más estudios, el tratamiento prolongado con testosterona o estrógenos puede perjudicar de forma permanente la espermatogénesis y la ovulación, incluso después del cese del tratamiento. En particular, varias sociedades científicas, como el American College of Obstetricians and Gynecologistsy (ACOG), la American Society of Reproductive Medicine, (ASRM) y la Endocrine Society, recomiendan que los sujetos jóvenes que inicien el proceso de afirmación de género hormonal y quirúrgico sean informados adecuadamente.

A las mujeres transgénero se les puede proponer la crioconservación de espermatozoides (la criopreservación es un procedimiento de laboratorio en el que se conservan células o tejidos a temperaturas muy bajas). La criopreservación de los espermatozoides debe realizarse antes de iniciar la terapia hormonal con estrógenos y/o antiandrógenos para evitar que éstos afecten la fertilidad. Este procedimiento también puede llevarse a cabo tras el inicio de la terapia hormonal, en este caso ésta debe interrumpirse durante al menos tres meses. Sin embargo, la calidad del material biológico almacenado puede verse afectada por la terapia. La recolección de espermatozoides se lleva a cabo mediante la masturbación en instalaciones especializadas en las que se disponga de un banco de esperma. Si la masturbación provocase intensas molestias o no fuese factible por otros motivos, se puede recoger el semen tras una estimulación vibratoria de la superficie del pene (vibromasaje). Como alternativa, se puede realizar una aspiración con aguja de los espermatozoides del testículo o una extracción quirúrgica de los mismos a través de una pequeña incisión en el testículo. Por último, el potencial reproductivo puede preservarse mediante la criopreservación del tejido testicular obtenido en el momento de la cirugía de orquiectomía bilateral.

A los hombres transgénero, se les puede proponer la criopreservación de ovocitos. Este procedimiento requiere varios controles ginecológicos y un tratamiento hormonal que estimule la producción de hormonas femeninas para aumentar el número de ovocitos. A continuación, los óvulos se extraen por vía transvaginal (mediante una aguja que llega a los ovarios a través de la vagina) bajo sedación profunda (se requiere un anestesista). Otra opción es la criopreservación del tejido ovárico, que requiere una intervención quirúrgica; el tejido ovárico puede obtenerse en el momento de la histerectomía con anexectomía o independientemente de ella. Los estudios preliminares indican que el éxito de estos procedimientos es satisfactorio incluso si ya se ha iniciado la terapia con testosterona. En teoría, es posible inducir la maduración de ovocitos a partir de tejido ovárico criopreservado. Hasta la fecha, este procedimiento ha tenido éxito sólo tras la reimplantación del tejido ovárico en el brazo o la pelvis del propio sujeto; sin embargo, esto implica la reanudación de la producción de hormonas femeninas, lo que puede ser una fuente de sufrimiento.
Los gametos criopreservados (ovocitos o espermatozoides) pueden utilizarse con la ayuda de técnicas de reproducción asistida para inducir el embarazo. En cuanto al consentimiento para el tratamiento de las personas que se someten a la transición de género, debe prestarse especial atención a la cuestión del problema de la fertilidad. Es esencial estar informado de que la criopreservación de gametos femeninos (ovocitos) requiere un procedimiento médico (incluyendo la estimulación hormonal) que, como tal, puede estar asociado a riesgos para la salud. Cabe señalar que la legislación italiana sobre la materia (Ley nº 40/2004) sólo permite el acceso a la procreación médicamente asistida (PMA) a las parejas de distinto sexo que estén casadas o convivan. Esto significa que tanto las personas solas como las parejas del mismo sexo no pueden acceder a dicho tratamiento.

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