Las consultas psicológicas permiten a las personas tomar conciencia de la definición de su identidad de género (si hay alguna confusión) y definir procesos individualizados donde haya un correcto conocimiento y expectativas realistas. El apoyo psicológico durante un proceso de afirmación de género no es obligatorio, pero la persona puede solicitarlo en algunos momentos delicados como lo son la salida del armario, la transición social, los cambios tras las terapias hormonales, la inserción laboral, etc. Además, si la persona tiene la intención de solicitar un cambio de nombre en los documentos (rectificación registral) y/o someterse a una cirugía de afirmación de género, se puede elaborar un informe psicológico que indique la necesidad de dicha cirugía para el bienestar de la persona. Este informe se puede presentar ante el Tribunal de residencia, al que se debe presentar la solicitud de autorización, tal y como establece la Ley nº 164 de 14 de abril de 1982, titulada “Normas en materia de rectificación de la atribución de sexo”.

Si la persona manifiesta el deseo de cambiar su cuerpo, se le puede prescribir un tratamiento hormonal. Según la 7ª edición de las Normas de Atención de la Asociación Mundial para la Salud Transgénero (WPATH, por sus siglas en inglés), en curso de revisión y actualización y otras directrices internacionales, deben cumplirse los siguientes criterios para poder recibir el tratamiento hormonal: (i) Disforia de género persistente y bien documentada; (ii) Capacidad para tomar una decisión plenamente informada y de consentir el tratamiento; (iii) Si existen importantes problemas de salud física o mental, deben estar razonablemente bien controlados. La terapia hormonal tiene que ser individualizada según las necesidades de cada persona: en una persona asignada como hombre al nacer la terapia puede ser feminizante y/o desmasculinizante, mientras que en una persona asignada como mujer al nacer puede ser masculinizante. En el tratamiento hormonal feminizante, se suele administrar hormonas estrogénicas (por ejemplo, para aumentar el tamaño de los pechos o hacer que las curvas sean más femeninas), mientras que los antiandrógenos se utilizan para desmasculinizar el cuerpo (por ejemplo, para reducir la vellosidad o las erecciones). En el tratamiento hormonal masculinizante, se suele administrar la hormona testosterona. El tratamiento hormonal debe adaptarse a las necesidades y objetivos de la persona, teniendo en cuenta su estado de salud general.

Esta fase incluye diversas intervenciones quirúrgicas a las que la persona puede someterse tras obtener la autorización con una sentencia del tribunal de residencia. Las cirugías consisten en la modificación de los caracteres sexuales primarios y/o secundarios con el fin de adaptar el aspecto físico de la persona a su identidad de género.
Antes de embarcarse en la cirugía de afirmación de género, es importante que la persona sea consciente de que este paso no es de ningún modo obligatorio y que consiste en una cirugía que no puede procurar completamente las características sexuales deseadas. De hecho, esta cirugía puede implicar la extirpación de los órganos genitales presentes (útero y ovarios; testículos y pene), pero hasta la fecha, los conocimientos científicos no permiten asignar los órganos genitales del sexo deseado. El equipo quirúrgico tiene la tarea de describir a la persona todos los aspectos de la operación y sus posibilidades, para que tenga expectativas realistas y, por lo tanto, obtenga un buen grado de satisfacción con los resultados obtenidos.

Es posible solicitar al tribunal de residencia la autorización para someterse a la cirugía de reasignación de sexo (cirugía de afirmación de género) y a la rectificación del nombre y el sexo, o sólo de este último. De hecho, tras los importantes pronunciamientos del Tribunal de Casación y del Tribunal Constitucional, si la persona no requiere, para su propio bienestar psicofísico, someterse a una cirugía de afirmación de género, puede solicitar al Tribunal únicamente el cambio de nombre y de género. Para ello, siempre se exigirá la documentación que acredite el diagnóstico de disforia de género/incongruencia de género.