La sanità è uno degli ambiti rigidamente suddivisi sulla base del sesso assegnato alla nascita. Si pensi ad esempio ai reparti maschili e femminili di ospedali, RSA e case di cura. Inoltre gli operatori sanitari si sentono spesso disorientati di fronte a una persona transgender, avvertendo disagio nell’interazione e stentando a comprenderne la specificità dei bisogni di salute. I professionisti affermano spesso di non capire la necessità di parlare dell’identità di genere nel contesto di una visita sanitaria; in realtà, la raccolta di questa informazione può essere fondamentale ai fini di una valutazione clinica accurata. Purtroppo, è raro che la tematica relativa all'identità di genere venga adeguatamente trattata nei percorsi di formazione, lasciando i professionisti piuttosto impreparati alla gestione dell'utenza transgender. Alla mancanza di conoscenze spesso si aggiungono preconcetti e atteggiamenti negativi che i professionisti possono nutrire, anche inconsapevolmente, verso le persone transgender, e che vanno a influire negativamente sulla qualità della relazione clinica e del servizio offerto. Occorre tenere conto di come spesso le persone transgender si avvicinino agli ambienti sanitari con il forte timore di ricevere un trattamento iniquo: è importante dunque non solo eliminare le discriminazioni, ma anche rassicurare le persone transgender circa il fatto di essere le benvenute.
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