Enquanto os procedimentos cirúrgicos nos órgãos genitais resultam em perda permanente da fertilidade, os tratamentos hormonais para a afirmação de gênero causam reduções variáveis (mas provavelmente reversíveis) na capacidade reprodutiva.
Contracepção em pessoas transgêneros designadas masculinas ao nascimento
Embora seja provável que a terapia com estrogênio e antiandrogênio possa prejudicar a produção de esperma (espermatogênese), não se pode descartar que a penetração vaginal com uma pessoa designada feminina ao nascimento possa causar gravidez. Por este motivo, se não for desejada, recomenda-se o uso de preservativo. Alternativamente, * parceir* designad* feminino ao nascimento (com um sistema reprodutivo feminino funcional) pode ser solicitado a usar um método alternativo de contracepção (por exemplo, a pílula contraceptiva). O uso de preservativos, ao contrário de outros métodos contraceptivos, também é útil na prevenção de infecções sexualmente transmissíveis. Entretanto, seu uso pode ser difícil para uma pessoa transgênero que esteja fazendo terapia hormonal de afirmação de gênero, devido à possível redução da tumescência (ereção incompleta).
Contracepção em pessoas transgêneros designadas femininas ao nascimento
A testosterona utilizada no tratamento de pessoas transgêneros designadas como mulheres ao nascimento induz o desaparecimento do ciclo menstrual dentro de um período de 1 a 12 meses após a primeira administração, na maioria dos casos. No entanto, a ausência de ciclos menstruais não significa a ausência de ovulação, o que implica um risco de gravidez. Foram relatados casos raros de gravidez indesejada ao tomar hormônios masculinizantes, de modo que o tratamento com testosterona não pode ser considerado uma opção contraceptiva válida e eficaz, além de apresentar efeitos teratogênicos no feto. 
A testosterona não é uma contra-indicação para qualquer categoria de contracepção hormonal. Entretanto, não temos informações sobre a melhor opção contraceptiva da população que toma este hormônio, nem sabemos se certos efeitos podem ser mantidos, amplificados ou reduzidos quando os contraceptivos são tomados com a testosterona. Cada método tem algumas vantagens e algumas desvantagens, portanto, a escolha do contraceptivo deve ser discutida com o médico e adaptada às preferências e necessidades da pessoa em questão.
Abaixo estão algumas opções contraceptivas com suas possíveis vantagens e desvantagens para pessoas transgêneros designadas como mulheres ao nascimento:
Implante subcutâneo
O que é
É um bastão de um tipo especial de plástico fino e flexível, com 4 cm de comprimento e 2 mm de diâmetro, que contém 68 miligramas do hormônio progesterona etonogestrel (um hormônio semelhante à progesterona natural, mas sintetizado em laboratório). É inserido sob a pele na área interna da parte superior do braço (esquerdo ou direito). Permanece no lugar por três anos e ao final do terceiro ano tem que ser removido. É inserido e removido através de uma pequena incisão feita pelo médico na clínica ambulatorial. Durante a inserção e remoção, uma anestesia local é administrada para reduzir o desconforto. Uma vez inserido, não é visível a olho nu, o que o torna extremamente discreto.
Vantagens:

• não contém estrogênio, comumente considerado o hormônio feminino que mais neutraliza o efeito masculinizante da testosterona
• pode permanecer no lugar por 3 anos
• é o método mais eficaz de contracepção para prevenir a gravidez
• o modesto efeito androgênico do hormônio contido no dispositivo pode agir em sinergia com a terapia de testosterona ou, pelo menos, não o neutraliza
• nenhum envolvimento do aparelho genital para a colocação

Desvantagens:

• procedimento de inserção que requer a administração de anestesia local
• possível sangramento genital persistente e irregular, que provavelmente será limitado em caso de uso concomitante de testosterona

Dispositivo intrauterino (contendo cobre ou levonorgestrel)
O que é
Tem uma forma de T e, dependendo do tipo, pode conter cobre ou prata, ou com uma pequena quantidade do hormônio progesterona levonorgestrel (um hormônio semelhante à progesterona natural, mas sintetizado em laboratório). Ele é inserido no útero e pode permanecer por 3 – 5 ou 10 anos, dependendo do tipo.
Vantagens:

• não contém estrogênio, comumente considerado o hormônio feminino que mais neutraliza o efeito masculinizante da testosterona
• uma vez colocado no útero, pode permanecer no lugar por 3 a 5 ou mesmo até 10 anos
• é um dos métodos mais eficazes de contracepção para evitar a gravidez.
• o dispositivo intrauterino contendo progestógeno age principalmente no útero, mas uma pequena quantidade de hormônio pode entrar na circulação. Isto tem um efeito androgênico e pode agir em sinergia com a terapia de testosterona ou não contra-atacá-la.

Desvantagens:

• a colocação de tais dispositivos requer um procedimento ginecológico
• possível sangramento e dor na inserção e pós-inserção
• o dispositivo intrauterino contendo cobre pode levar a um aumento no fluxo menstrual.

Pílula anticoncepcional contendo apenas progestógeno
O que é
Um comprimido contendo o hormônio progesterona desogestrel ou drospirenona (hormônios similares à progesterona natural, mas sintetizados em laboratório) a ser tomado diariamente por via oral.
Vantagens:

• não contém estrogênios, comumente considerados como os hormônios femininos que mais neutralizam o efeito masculinizante da testosterona
• tomado por via oral
• efeito mínimo androgênico do desogestrel, que pode, portanto, agir em sinergia com a terapia de testosterona, ou pelo menos não contrariá-la
• nenhum procedimento ginecológico é necessário

Desvantagens:

• requer ingestão diária
• o controle do sangramento genital obtido com este método pode não ser ótimo, embora não haja informações disponíveis sobre os efeitos de sua ingestão com  testosterona 
• possível redução da eficácia em caso de distúrbios gastrointestinais (diarreia) ou ingestão concomitante de certos medicamentos

Pílula anticoncepcional contendo estrogênio
O que é
Pílula contendo os hormônios estrogênio e progestina (hormônios similares ao estrogênio natural e progesterona, mas sintetizados em laboratório), a ser tomada diariamente por via oral.
Vantagens:

• tomado por via oral
• oferece bom controle do sangramento genital, especialmente quando tomado sem interrupção
• nenhum procedimento ginecológico é necessário

Desvantagens:

• contém estrogênio que pode interferir com o efeito masculinizante da testosterona
• requer ingestão diária
• risco ligeiramente maior de tromboembolismo
• possível tensão mamária
• possível redução da eficácia em caso de distúrbios gastrointestinais (diarreia) ou se certos medicamentos forem tomados em simultâneo.

Anel vaginal
O que é
Um dispositivo em forma de anel feito de um tipo especial de plástico, flexível e fino, com um diâmetro de 54 mm e uma espessura de 4 mm. Deve ser colocado na vagina e substituído uma vez por mês. Em contato com a parede vaginal, o anel libera estrogênio e progestina (hormônios similares ao estrogênio natural e progesterona, mas sintetizados em laboratório).
Vantagens:

• oferece um bom controle do sangramento genital
• permanece no lugar por 3 semanas

Desvantagens:

• contém estrogênio que pode interferir com o efeito masculinizante da testosterona 
• envolvimento do aparelho genital para a colocação
• modesto aumento do risco tromboembólico
• possível tensão mamária
• possível redução da eficácia ao tomar certos medicamentos concomitantemente.

Tabus e estereótipos podem influenciar negativamente a sexualidade, então nesta seção esclareceremos alguns aspectos e dissiparemos falsos mitos.
Sou um rapaz transgênero e me sinto atraído por homens, há algo estranho em mim?
Orientação sexual e identidade de gênero são dois conceitos distintos e independentes. Assim como uma pessoa cisgênero, uma pessoa transgênero pode, por exemplo, ser atraída por um homem, uma mulher, ambos ou outra pessoa transgênero. Isto também é verdade no caso de uma moça transgênero. Portanto, a orientação sexual não é um aspecto que interfere no eventual processo de afirmação de gênero. No entanto, em alguns casos pode ser útil pedir ajuda ao seu profissional de confiança para tirar dúvidas sobre possíveis mudanças sexuais devido à terapia de afirmação de gênero ou possíveis terapias contraceptivas.
Não estou interessado em sexualidade nesta fase da minha vida, devo me preocupar?
Pode acontecer que a sexualidade das pessoas transgênero seja comprometida pelo desconforto com seus corpos e pelo medo de não serem reconhecidas pelo que sentem. Podem querer evitar novos relacionamentos ou não estar interessados em sua sexualidade. Os profissionais a cargo da saúde de pessoas transgênero podem dar apoio nesta fase, para que estas possam lidar de modo mais tranquilo com a própria sexualidade. Além disso, o desconforto com o próprio corpo pode muitas vezes diminuir espontaneamente durante o processo de afirmação de gênero, permitindo que se vivencie melhor a sexualidade. Entretanto, se a sexualidade é uma fonte persistente de sofrimento, pode ser útil consultar um sexólogo experiente em saúde transgênero para avaliar intervenções específicas (apoio psicológico ou medicação).
Como a sexualidade se transformará após a cirurgia?
A decisão de realizar ou não o processo cirúrgico de afirmação de gênero é uma escolha que só algumas pessoas transgênero desejam empreender. Ao tomar esta decisão, é certamente importante estar ciente das possíveis consequências sobre a sexualidade. Isto requer uma avaliação cuidadosa dos aspectos que poderiam ser melhorados (melhor relacionamento com o próprio corpo, por exemplo), mas também das possíveis limitações, variáveis conforme a experiência do profissional e as peculiaridades do caso individual. Portanto, é importante que as pessoas sejam cuidadosamente informadas e tenham expectativas realistas. Além disso, pode acontecer de uma pessoa transgênero se sentir perdida em face das mudanças na anatomia de seus genitais, por mais desejadas que sejam. Neste caso, é importante explorar novas formas possíveis de estimulação e contato sexual, aprendendo a conhecer o próprio corpo. Para algumas pessoas, um programa de aconselhamento sexual para casais também pode ajudar.

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